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肝微粒体是体外研究一个化合物的代谢（酶抑制、清除率和代谢鉴定）以及药物-药物相互作用的主要工具。通常根据特定细胞色素酶的活性水平来选择微粒体。
在化合物早期发现阶段，为了初步评估化合物在体内被代谢清除的风险，采用化合物与肝微粒体在体外共孵育一段时间后，通过检测药物浓度的变化来反映化合物的稳定性，即为肝微粒体代谢稳定性测试。
作为早期化合物筛选中的重要一环，准确地认识该项测试结果对于化合物性质的判断十分重要。由于认识的不足，对于LMS的结果，非常容易产生错误的理解和判断。
很多误区的造成是对体外试验体系和体内条件差异认识的不足，LMS的测试与体内清除过程的差别主要有五点。
1、体外试验体系中化合物与酶含量的相对比例可能有差别；
2、化合物在体外是静态的，与代谢酶时时刻刻接触的，而体内的血液或组织液交换是动态的，药物分子一旦逃离肝脏部位就接触不到肝脏代谢酶了；
3、体外我们与微粒体孵育的化合物是全游离的状态，而体内的化合物是先与血浆蛋白接触之后，只有未与血浆蛋白结合的药物才有机会与肝脏代谢酶结合；
4、体外化合物是无障碍的与代谢酶接触，而体内化合物想要接触肝细胞中的代谢酶s先就需要跨过肝细胞膜的障碍；
5、体内可能包含除了肝微粒体之外的代谢酶。
基于如上三点差别，一类固有清除率很高的化合物，但是其PPB水平很高，大量的药物在接触肝脏代谢酶之前就被血浆蛋白抓走了，从而会导致其体内的清除率也没那么高。
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