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药物制备液相色谱仪主要对复杂微量混合物进行制备性分离。适用于天然产物、人工合成物质的精细化小量分离。可应用于中药化学、天然产物化学、药物化学等学科领域的科研工作。
药物制备液相色谱仪通过一固定于柱中或平板上、与流动相互不相溶的固定相表面。当流动相中携带的混合物流经固定相时，混合物中的各组分与固定相发生相互作用。分析色谱的目的，是分析出混合物中一个(或者几个)纯物质的含量。制备色谱的目的，是从混合物中得到纯物质。
为了加快分离的时间与提高分离的效率，制备色谱的的进样品量很大，导致制备色谱柱子的分离负荷的相应加大，也就必须加大色谱柱填料，增大制备色谱的直径和长度，使用的相对多的流动相。然而，当药物制备液相色谱仪上样品负载加大的时候，往往导致柱效急剧下降而得不到纯的产品。
制备色谱，要解决容量与柱子效果之间的矛盾，对重现性也要考虑。从经济上来说，制备色谱要争取少用填料，少用溶剂，要尽可能多的得到产品。
由于混合物中各组分在性质和结构上的差异，与固定相之间产生的作用力的大小、强弱不同，随着流动相的移动，药物制备液相色谱仪在两相间经过反复多次的分配平衡，使得各组分被固定相保留的时间不同，从而按一定次序由固定相中先后流出。
与适当的柱后检测方法结合，实现混合物中各组分的分离与检测，因为没有必要达到分析色谱那样的分离度，可以在一定范围内大大加大进样的浓度和体积，在做分离的时候，也有一些分析色谱的时候，不能用到的技巧。
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